Para entrar por la puerta de la historia, tendremos que traspasar primero el arco nebuloso de piedra, cobre y bronce y ahí nos encontramos las sepulturas calcolíticas del Cortijo Poyato. De la época ibérica los yacimientos del cerro del Castillo. Hallazgos en cerro Barrero en el alfar de El Tejar, así como la estela funeraria en el Dehesa Encina el Cuervo.
Pero Benamejí se consolida en el siglo IX cuando en emir Abd Allah construyo su fortaleza llamada BANU BASHIR, fortificada mas tarde por Abd al Arman III. En 1240 Fernando III conquisto Benamexir y en 1254 fue donada por Alfonso a la orden de Santiago.
Durante 200 años unas veces será de dominio cristiano y otras musulmán, siendo conquistada definitivamente en 1487 por lo Reyes Católicos.
El Papa Clemente VII autorizo a Carlos I a vender algunas propiedades de las ordenes militares y Benamejí es vendido al regidor de Burgos Diego de Bernuy, por 19.965.000 maravedíes, el cual levanta al pueblo de nueva planta, lo dota de Carta Puebla, reparte tierras y da normas para la organización de la villa.
Benameji es pueblo con Señorío desde que allá por 1549 Don Diego de Bernuy eligiese este espectacular enclave natural, antes disfrutado por romanos y árabes, y se trajesen al mejor arquitecto, Hernan Ruiz II, para que hicieran el magnifico Puente Renacentista sobre el río Genil, la Aceña y el moderno trazado recto de sus calles, en tiempos del siempre recordado Palacio.
Benameji es literatura de Calderón con las niñas de Gómez Arias como también lo es de Lorca en su Romancero Gitano, y de los Machado con La Duquesa de Benameji, siendo esta obra el tema del próximo Centro de Interpretación de la Ruta del Tempranillo, de esta la que el pueblo bandolero forma parte.
Visita a Benamejí del rey Felipe V
El rey Felipe V, dentro de un programa de conocimiento del país, decidió en 1729 trasladarse a Sevilla con toda su corte. Durante esta estancia provisional, que duraría cuatro años, realizó distintos desplazamientos por Andalucía. En ese tiempo viajó a Cádiz y Granada. En esos viajes se desplazaban todos los cortesanos, los militares de la guardia real y funcionarios de la administración real que realizaban con anterioridad al paso de la comitiva los trabajos necesarios para asegurar que el traslado, el hospedaje y la manutención fueran correctos.
Las crónicas cuentan que a finales de mayo de 1730 un ingeniero de carreteras se encuentra en Benamejí supervisando los trabajos de arreglo del camino entre Archidona y Benamejí, preparándolo para el paso de la comitiva real. En virtud de sus atribuciones de acuerdo con las Órdenes Reales dictadas al efecto para el desarrollo del viaje, solicita al municipio de Lucena la ayuda de personal para efectuar los urgentes trabajos de preparación del camino, cuyo estado ofrecía graves carencias. La población de Encinas Reales, que por aquel entonces pertenecía a Lucena, es la encargada de facilitar el personal necesario, un plantel compuesto por unas trescientas personas de distintos oficios dotadas de sus correspondientes picos, palas y demás herramientas necesarias. Tras un forcejeo sobre el pago de los jornales generados, que al final son pagados por el Concejo de Lucena, el 2 de junio el camino se encuentra en las condiciones necesarias para el paso de los carruajes de la comitiva.
Los hombres dedicados al arreglo del camino hasta Benamejí tienen que continuar su trabajo en el tramo entre Benamejí y Aguilar pues también estaba en mal estado. Finalmente el día 5 de junio el camino se encuentra en las condiciones pedidas. Por otro lado el corregidor de Benamejí, Don Antonio José Gabaldán, el 31 de mayo, ante la inminente llegada de la comitiva real, pide ayuda a Lucena y solicita le entreguen urgente 300 fanegas de harina de trigo para atender a los miembros de la citada comitiva, ya que según una orden real se manda que los pueblos del trayecto provean de víveres y alojamiento a los viajantes, cortesanos, administrativos, soldados y demás personajes de la comitiva.
La comitiva, que había salido el 6 de junio, pasa el día 7 y el 8 en Benamejí. El 8, día del Corpus, por la tarde salieron de Benamejí con destino hacia Aguilar. Es posible que en la mañana de aquel día asistieran a la preceptiva misa y procesión del Corpus en el pueblo tras haber pernoctado en el Palacio del Marqués. Los gastos de arreglo de los caminos del termino que ascendían a 1500 reales y que habían sido abonados por el Concejo de Lucena, finalmente fueron abonados a Lucena por Benamejí, obligado por sentencia del Consejo de Castilla de 1731.
Benamejí en la guerra de la Independencia
La literatura histórica sobre el bandolerismo ha utilizado a Benamejí como un punto importante de actuación en el siglo XIX. El paso por el puente para vadear el río, en el camino de Córdoba a Málaga, y su entorno entre colinas facilitaban las cosas para tender emboscadas.
En la guerra de Independencia (1808-1814), las cuadrillas de Juan de Campos y Pedro Alcalde operaron por los contornos de Benamejí y Encinas Reales, alternando la acción guerrillera de hostigamiento a los franceses con la rapiña y robos en la zona. Otra de las cuadrillas que operaba de igual modo allí era la de Pedro Pena, apodado el Sotana, que actuaba desde Benamejí con ocho o diez delincuentes fugados de los presidios. Una tercera partida existente fue la de Francisco Lozano, el Bolsero. El 2 de junio de 1811, en las cercanías de Benamejí, Pedro Alcalde concentra a las partidas de la zona logrando reunir, según dicen, a unos mil doscientos hombres con los que lleva a cabo un hostigamiento a las tropas francesas del Mayor Robin. El combate se salda con trescientos muertos, un sin fin de heridos y la desbandada de los españoles. Pedro Alcalde Heredia, un antiguo jornalero que había nacido en Los Villares, es apresado y trasladado a Jaén, donde intentan ahorcarlo, pero al no disponer de verdugo, deciden fusilarlo y posteriormente colgar el cadáver del patíbulo. Estas y otras acciones en las que facilitaron el cobijo y el paso de las distintas partidas de los guerrilleros que operaban en la zona, provocó que los franceses multaran a la población, según consta en los escritos de la época.